Türkiye'deki 8 Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsünden biri olan Konya Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü ilk olarak 1950 yılında Orta Anadolu Bölgesi Aşı ve Serum Enstitüsü olarak kurulmuş ve 1968 yılına kadar bu isim altında hizmet vermiştir.

1968 yılında Veteriner Bakteriyoloji ve Araştırma Enstitüsü, 1969 yılında ise Veteriner Bakteriyoloji ve Seroloji Enstitüsü haline getirilmiş ve müteakiben bünyesinde Döner Sermaye İşletmesi kurulmuştur.

Sonraki yıllar Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Veteriner Mikrobiyoloji Enstitüsü Müdürlüğü, Hayvan Hastalıkları ve Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü şeklinde isim değişikliğine uğramıştır.

Kurumumuz en son 22.09.1994 tarihinde tekrar Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü adını almış ve halen bu isim altında doğrudan Bakanlığa bağlı bir kuruluş olarak hizmet vermektedir. Enstitü yaklaşık 19 000 m² bir alan üzerine yerleşmiştir.

Kurulduğu yıllarda sadece Bakteriyoloji ve Parazitoloji Birimlerine sahip iken daha sonraki yıllarda birim sayısı artmıştır. Bu birimlere daha sonraları Gıda ve 1984 yılında Toksikoloji Laboratuvarı eklenmiş, 1990'lı yılların başında Tavuk Teşhis ve Patoloji Laboratuvarları kurulmuştur.  1999 yılında Moleküler Teşhis Laboratuvarı, 2004 yılında ise Viroloji Laboratuvarı hizmet vermeye başlamıştır.